Согласно генетическому исследованию аутосомных маркеров и митохондриальной ДНК 979 домашних, диких и одичавших кошек с трёх континентов, в том числе барханных кошек (Felis margarita), все домашние кошки по материнской линии происходят как минимум от пяти представительниц подвида степная кошка (Felis silvestris lybica), имеющих разные гаплотипы митохондриальной ДНК. В митохондриальной гаплогруппе IV, специфической для ближневосточных и домашних кошек, идентифицировали 6 субклад и рассчитали время жизни общего предка — ок. 13 тыс. лет назад, что значительно превышает время предполагаемого одомашнивания ближневосточных кошек. Генетический анализ митохондриальной ДНК 209 кошек из 30 захоронений на территории Европы, Ближнего Востока и Северной Африки показал, что домашние кошки распространялись по миру двумя большими волнами. Первая волна имела место на заре сельского хозяйства 12—9 тыс. лет назад — в Плодородном полумесяце и его окрестностях домашние кошки расселились вместе с земледельцами по всему Ближнему Востоку. Несколько тысяч лет спустя вторая волна, вышедшая из Египта, охватила практически всю Европу и Северную Африку.
Обособление подвида Felis silvestris lybica произошло около 130 тысяч лет назад. Степная кошка до сих пор распространена по всей Северной Африке и в обширной зоне от Средиземноморья до Китая, где она обитает в зарослях саксаула в пустынях, в кустарниках возле водоёмов, в предгорьях и горах. Хотя мелкие дикие кошки разных подвидов могут скрещиваться между собой и давать потомство, результаты генетических исследований показали, что в филогенезе домашней кошки другие подвиды Felis silvestris, кроме степной кошки, участия не принимали.